Pemblokiran jalan selama berjam-jam itu mengakibatkan arus lalu-lintas macet dan dialihkan.
Beberapa kali terjadi negosiasi antara mahasiswa dengan aparat agar segera membubarkan diri, namun mahasiswa ngotot terus menggelar aksi. Bentrokan antara mahasiswa dengan aparat kepolisian terjadi ketika mahasiswa hendak membakar patung replika babi dan merobek-robek poster SBY. Rebutan poster antara aparat dengan mahasiswa tak dapat dihindari.
Massa juga mulai membakar ban di tengah jalan. Ketika aparat hendak memadamkan dengan semprotan, mahasiswa menghalang-halanginya sehingga bentrokan mulai pecah.
Aparat kepolisian berusaha memadamkan api dan membubarkan masa dengan menggunakan semprotan air dari mobil water canon. Massa yang sudah tersulit emosinya kemudian melempari petugas dengan batu. Karena diserang dengan batu, polisi kemudian mengejar para pendemo yang masuk ke dalam kampus UIN.
Akibat insiden tersebut beberapa mahasiswa mengalami luka-luka akibat terkena pentungan kayu. Sekitar tujuh orang mahasiswa ditangkap polisi atas insiden itu. Saat ini mereka masih dibawa ke Polres Sleman. Sedangkan Kabag Ops Polres Sleman, Kompol Irwan Setiawan mengalami luka dan harus dilarikan ke rumah sakit akibat terkena lemparan batu dari pendemo.